Vila Real da Praia Grande
Em 1567, o líder dos Temiminós que lutaram ao lado dos Lusitanos na guerra contra os Francos e os Tupinambás decidiu ocupar a margem leste da baía, onde foi erguida a vila jesuítica São Lourenço dos Índios. Aos poucos, ao redor da missão, muitos Lusitanos ergueram suas casas e formaram a Vila Real da Praia Grande, próxima à Fortaleza de Santa Cruz, construída em 1555 para ajudar a defender a entrada da baía.
Com o crescimento da vila, a aldeia de São Lourenço foi minguando, chegando ao fim do século com pouco mais de cem almas. Muitos migraram para a aldeia de São Barnabé, com cerca de 400 nativos de origem temiminó e tupinambá, mais ao norte.
Seguindo pelo litoral, às margens da lagoa Maricaha foi fundada a fazenda São Bento por monges beneditinos.
Freguesia de Magepemerim
Fundado por colonos lusitanos em 1566 e elevada a freguesia em 1696, a vida local gira em torno do porto que faz ligação com São Sebastião e escoa toda a produção do fundo da baía. Nesse porto, inclusive, aportam alguns navios negreiros.
Freguesia de São Gonçalo de Amarante
A freguesia foi criada em 1644 junto à fazenda jesuítica de Colubandê, ao norte de São Lourenço dos Índios. Os engenhos da região desenvolveram uma próspera produção de cachaça. Em 1660, o governador aumentou a taxa sobre o produto para aparelhar suas tropas. Seguiu-se uma revolta dos senhores de engenho da região, que levou à deposição do governador. Mas o Visconde de Asseca já havia contornado situações piores. Em poucos meses reuniu forças em São Vicente e conseguiu dar fim à revolta.
Vila Santo Antônio de Cacerebu
Localizada às margens do rio Macacu, nome de uma árvore da qual se extrai tinta, a freguesia foi criada em 1647, após a expulsão dos Puris, tornando-se em vila em 1697. O termo da vila abrange seis léguas de cada margem do rio, descendo da vila, aos pés da serra, até a sua barra, nos fundos da baía.
Terra de Santa Cruz 