Vila da Ilha Grande
Em 1608, o povoado iniciado em 1556 em região outrora repleta de histórias de encontros entre brancos e Tupinambás é reconhecido como vila. Situada em uma verdejante angra a oeste de São Sebastião, seu porto é protegido por dezenas de ilha, entre as quais se destaca a Ilha Grande que dá nome à vila.
Vila de Nossa Senhora dos Remédios de Paraty
Um pequeno povoado teve início junto às margens do rio Perequê-Açu no final do século XVI. A transformação da vila, em 1670, foi permitida com a condição de que os nativos da região não fossem molestados. O porto de Paraty se revelou mais estratégico do que o da Vila da Ilha Grande devido a um antigo Peabiru que liga a região ao vale do rio Paraíba, atravessando a Muralha Verde. Com o incremento das lavras de ouro no interior, este caminho tem se mostrado o meio mais rápido de se chegar até lá desde a costa. Apesar da travessia íngreme, a trilha tem a vantagem de evitar a perigosa Serra da Bocaina, que se ergue por detrás da Vila da Ilha Grande, onde se esconde o vale dos temidos Acritós. Assim, mercadorias com destino às lavras chegavam primeiro em São Sebastião e depois seguiam a Paraty. Os governos de Itanhaém e São Vicente desejam recuperar o domínio sobre Paraty, que já fora antes um povoado vicentino. Assim, eles terão controle tanto sobre a fundição quanto sobre a saída do ouro.
Aldeia de São Francisco Xavier de Itinga
Por iniciativa dos filhos do primeiro Visconde de Asseca, vários Cariós apresados no sul foram aldeados nos limites da Fazenda Santa Cruz, de propriedade dos Jesuítas. A aldeia acabou sendo encampada pela Companhia. Atualmente conta com cerca de 300 almas.
Nossa Senhora da Guia de Mangaratiba
Aldeia de Tupiniquins trazidos do Nordeste, administrada por particulares supostamente ligados ao Visconde de Asseca. Diz-se que a aldeia de Itinga foi engue aos Jesuítas em troca da manutenção do caráter privado da aldeia de Mangaratiba.